До конца апреля рейсы будут выполняться по пятницам и субботам. С мая полеты станут ежедневными.

Вылет рейса из аэропорта "Шереметьево" запланирован в 02:00, прилет в Томск — в 10:00 (06:00 мск). В обратном направлении рейс будет вылетать в 11:05 (07:05 мск) и прибывать в "Шереметьево" в 11:30.

Полеты будут выполняться на самолете Boeing-737-800.

На фоне увеличения частоты полетов по маршруту "Аэрофлот" скорректировал время прибытия первого рейса. С 29 марта самолеты стали вылетать из Москвы в Томск на 40 минут позже — в 23:05 с прибытием в Томске в 07:20 (03:20 мск). Время обратного вылета также скорректировано на полчаса — 08:20 (04:20 мск) с прибытием в Москву в 08:50.

"Аэрофлот" до пандемии коронавируса традиционно выполнял два регулярных ежедневных рейса Москва-Томск. В мае 2020 года на фоне снижения пассажиропотока авиакомпания приостановила полеты более позднего рейса. Его возвращение в расписание неоднократно сдвигалось. Последний раз "Аэрофлот" планировал вернуться к прежней регулярности в октябре, но позже отказался от планов на фоне падения пассажиропотока из-за второй волны COVID-19.

Помимо "Аэрофлота", по маршруту Москва-Томск-Москва ежедневно выполняют по одному регулярному рейсу авиакомпании S7 и "Уральские авиалинии".